Очередное обновление proftpd вылезло боком. Перестали логиниться юзеры которые проходят авторизацию через mysql.
Через режим отладки было видно что, не модуль mysql не подключен. Оказалось разработчики изменили некоторые функции, теперь необходимо в конфиги писать следующее

LoadModule mod_sql.c
LoadModule mod_sql_mysql.c

И после это перезапустить proftpd.
Мне помогло.